还可以看柱头痕迹、染色测定、种子纯净度、种子含水量、种子“三证”。混入的父本和其他籼稻明显比杂交水稻种子细长饱满，而粳稻谷则较圆。这样便可以识别杂交种子中不发芽的变质种子。
辨别假劣杂交水稻种子，看整齐度，混有其他稻谷的杂交稻种子粒型不整齐；看谷壳色，杂交水稻种子谷壳上有一些不均匀的黄褐色等生理性杂色，而父本、保持系谷粒颜色一致，保持系和其他混杂谷粒比杂交水稻种子透明度高，谷壳比杂交水稻种子光滑。还可以看柱头痕迹、染色测定、种子纯净度、种子含水量、种子“三证”。
一、看整齐度
混有其他稻谷的杂交稻种子粒型不整齐。混入的父本和其他籼稻明显比杂交水稻种子细长饱满，而粳稻谷则较圆。
二、看谷壳色
杂交水稻种子谷壳上有一些不均匀的黄褐色等生理性杂色，而父本、保持系谷粒颜色一致，保持系和其他混杂谷粒比杂交水稻种子透明度高，谷壳比杂交水稻种子光滑。
三、看柱头痕迹
非杂交水稻谷粒因多属于自花授粉，雌蕊柱头不外露，柱头痕迹留在谷壳内部，剥去谷壳在米粒顶部可以看到一点浅黑色的柱头痕迹。而杂交种属于异花授粉，柱头露出，仔细观察谷粒内外夹缝中间，可以发现一点不明显的小黑点即柱头痕迹，这是识别杂交水稻种子和其他稻粒的重要依据。
四、看染色测定
方法是将稻谷壳从胚部纵切成两半，取每粒的一半洗净，浸泡在稀释成60倍液的红墨水中，1小时后取出用清水冲选，如果种胚没染色或染色较浅，证明种子有活力的，若染色较深，证明种子失去活力。这样便可以识别杂交种子中不发芽的变质种子。
五、看种子纯净度
用手抄一下种子，掌上指间有固体颗粒如土粒、砂粒等杂质，手指附着细粉状物，证明种净子纯度不符合国家规定的标准（99%）。
六、看种子含水量
简单的方法是用牙咬谷粒，如果有尖脆响声，则含水量几乎正常；如果没有尖脆响声或谷粒的断面不整齐，则种子的含水量一般高于正常标准（11、5%）。
七、看种子三证
凡有有种子经营许可证、质量合格证和植保部门病虫检疫证的种子，都是优质杂交水稻种子。否则，就是假杂交水稻种子。
