干净的水可以选用一般的矿泉水或RO逆渗透或蒸馏水都可以。
1、日光净化法：利用阳光直接照射，最好在早上到中午前左右的阳光是最适当，约2小时，如果不小心超过时间也没关系，但是一定要在日落前收回来。
2、月光净化法：听说最好用满月时晒比较好（利用日、月之阴阳离子消磁法最好，既可消磁，又可增强水晶能量）。
3、泡盐水：要用海盐，也就是粗盐，用干净无污染的水去泡一晚，隔天再用干净的水冲干净，此法对于有金属或绳子的水晶来说，要少用，因为盐会侵蚀金属或绳子喔！干净的水可以选用一般的矿泉水或RO逆渗透或蒸馏水都可以。
4、亲近自然法：出游时，将水晶放在溪水中让它接近大自然，补充能量。
5、埋入土中：可以利用干净不会有污水流过的泥土，埋入约3－10天，因为土壤是具有生育的强力能力，而可以夺取毒素，并吹入巨大的能量；如果担心脏掉，可用植物纤维的布料予以包扎，再埋入土里。
6、埋入雪中：这也可以，只要是干净的雪，在大自然中的雨、雪、光、溪水等等，都可以让水晶净化。
7、利用晶簇：放在晶簇、晶洞中，利用品簇、晶洞释放之正磁场清除水晶的负能量，让它重新充电，放置时间约一晚左右即可。
8、天然水晶六角晶柱净化：六角晶柱他的尖端部份气场特别强，可以使用四根六角晶柱来作净化，也属于很有效的净化方式之一。首先，将四根六角晶柱的尖端朝内摆，四根分别摆饰方位，分别如东西南北这样的摆置，中间的位置则放置要净化的水晶，如此摆置一晚就可以了。
