实际上有两点原因，因为秦始皇完成统一后，需要建立专制体系，所以各国的文化需要进行合并，不利于施政的东西都要销毁。历史上对秦始皇褒贬不一。的确秦始皇的功绩不容忽视。其中最令人诟病的还是要数“焚书坑儒”一事。秦始皇为了统一思想，将其余诸侯国的史籍和民间的藏书都烧掉，之后又在咸阳坑杀了四百六十多名儒生。秦始皇对此怒不可遏，下令坑杀“诸生”。
秦始皇在位时曾两次焚书坑儒，不过他这样做的目的究竟是什么呢?实际上有两点原因，因为秦始皇完成统一后，需要建立专制体系，所以各国的文化需要进行合并，不利于施政的东西都要销毁。还有就是儒生会运用儒学对秦始皇的专政提出批评，那秦始皇也不会让他们活着。焚书坑儒这件事也曾有过争议，疑古派认为根本就没有发生过，只是后人杜撰出来的，但随着更多史料的发觉，焚书坑儒基本上已经做实，但其中还是存在很多误解。
历史上对秦始皇褒贬不一。当然主流还是认为秦始皇是“千古一帝”，开创不世之功。的确秦始皇的功绩不容忽视。他结束战国时代分裂混战的局面，实行“书同文，车同轨”的政策，将大一统的思想流传到后世的千秋百代;秦朝时期实行的郡县制也一直影响至今。除此之外，秦始皇还是中国古代皇帝制度的创始人，对历史有巨大的推进作用。
当然历史上也不乏对秦始皇的指责，说他是一个暴君。在结束战乱以后仍然使用严苛残酷的法家思想;大兴土木造阿房宫;耗费巨资寻仙问药等等。其中最令人诟病的还是要数“焚书坑儒”一事。
秦始皇为了统一思想，将其余诸侯国的史籍和民间的藏书都烧掉，之后又在咸阳坑杀了四百六十多名儒生。后人评价“焚书坑儒”为文化上巨大的浩劫，之后一有大规模焚烧书籍的事件，人们就喜欢与秦始皇“焚书坑儒”相比。
“焚书坑儒”不管目的如何，确实在文化和历史传承上造成破坏，这一点不可否认，也不必否认。但是这个破坏到底在什么程度，还是一个值得商榷的问题。
“焚书”的建议是李斯提出来的。因为士人大多厚古薄今，而且思想不统一，具有煽动性，所以要从根本问题，也就是书籍上下手。具体内容是这样的：除了秦国的史书，其余史书一概焚烧;《诗》、《书》还有诸子百家的著书，除了官藏，其余一概焚烧;有关于医术、卜筮、种树等方面的工具书可以留下。
这一系列的措施看上去触目惊心，但是好在官方还保存善本。刘邦在攻入咸阳的时候，其他人都在争夺财帛，只有萧何第一时间去收集这些图书。如果不是萧何，中国文化恐怕真的要遭受不可估量的损失。
“坑儒”其实与“焚书”并不是一回事，也是历史上争议较大的事情。《史记·秦始皇本纪》中记载，秦始皇派方士寻仙问药，但是这个世界上哪里有仙药?方士只能蒙骗秦始皇。其中两个方士候生和卢生觉得实在瞒不下去，于是逃之夭夭。临走前还说一堆秦始皇的坏话。秦始皇对此怒不可遏，下令坑杀“诸生”。
扶苏在劝说秦始皇的时候，说了一句“诸生皆诵法孔子”，所以后人认为秦始皇坑杀的是儒生。至于这个“诸生”究竟是儒生还是方士，至今仍然是一个历史悬案。
