回到日常工作之后，J因为失去了短发妹所以总提不起劲，K为了让他开心，把小外星人们放到了J的更衣箱里J说这些小外星人看起来非常可怜，K听后踢开了一扇大门外面的情景让人大吃一惊，原来地球也只是一个小小的更衣箱而已，影片到这结束！
《黑衣人2》是在第一部的四年之后，邪恶的外星魔女来到地球寻找统治宇宙万物的关键外星人，但是只有K才知道关键外星人的藏匿处，J必须让K赶紧恢复记忆，继而两人一起阻止邪恶的外星魔女进行统治地球的故事
男主角J是个正式黑衣人，总部在他的老搭档K退休后，给他安排了新搭档
一天新搭档遇到了一只不听话外星小虫子，就揪住它教训了一顿
结果没想到刚才他揪的其实是大虫子的一根头发，大虫子被激怒后开始疯狂破坏，把地铁都吃掉了一半
最后还是J掏出武器才让它冷静了下来
事后J清除了所有乘客的记忆，顺便把新搭档开除了
于此同时，外星的邪恶女王偷渡到了地球上，为寻找一个叫萨塔之星的神秘东西开始滥杀无辜
J在调查这些案件的时候，认识了险些被害的短发妹，对她有了好感
与此同时J的上司知道萨塔之星事关重大，就召回了已经退休的K
不过K退休之前清除了自己的记忆，对看到的一切充满好奇，忍不住用手触摸，差点毁灭了一个迷你星球
就在J正准备恢复K的记忆的时候，邪恶女王突然来到总部，一言不合解开了衣服
旁边的双头外星人看到后，兴奋地昏了过去，被迫自己给自己做人工呼吸
工作人员们都一脸震惊地过来围观，邪恶女王趁机伸出无数藤蔓，俘虏了所有工作人员
只有J和K顺着逃生通道溜了出去
后来J找到一个朋友给K恢复了记忆，但记忆恢复的不是很成功，K只隐约记得一点跟萨塔之星有关的东西
他们接连拜访了住在更衣箱里的小外星人
还有身体细长的蠕虫外星人
终于知道原来所谓的萨塔之星就是短发妹
她是萨塔星人的公主，母亲死前把她交给了K，邪恶女王和萨塔星人有仇所以一直追杀她。
J从蠕虫的嘴里得知，邪恶女王把短发妹劫持到了黑衣人总部，想把她发射回自己的母星
J和K急忙又杀回总部，进门时他们触发了总部的防御机制
但两人早有心理准备，跳到天花板上躲过了攻击
邪恶女王的手下看到后，开着飞碟轮番发起了攻击，但J没怎么费力就消灭了他们
另一方面，邪恶女王又生出藤蔓，俘虏了K
好在J及时赶到，开枪轰碎了邪恶女王
接着K和J带上短发妹开车逃跑，但邪恶女王竟然没有死掉，也开车跟了上来
一路飙车后，J做了假动作，让邪恶女王冲进了片头大虫子的嘴里
这只虫子专吃钢铁，把邪恶女王的车咬成了碎片
接着K把短发妹带到了一艘飞船旁边，请她回到了萨塔星去
因为那里正面临危险，而她是萨塔星的希望，短发妹依依不舍地飞走了
就在这时，邪恶女王又从大虫子的身体里破茧而出，变成了自己的完全形态，飞到天上去追杀短发妹
J和K见状，开火杀死了邪恶女王，让她化成了一片烟花。
回到日常工作之后，J因为失去了短发妹所以总提不起劲，K为了让他开心，把小外星人们放到了J的更衣箱里
J说这些小外星人看起来非常可怜，K听后踢开了一扇大门
外面的情景让人大吃一惊，原来地球也只是一个小小的更衣箱而已，影片到这结束！
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